1853年，上海爆发了小刀会起义，在混乱期间，上海海关运转失灵，海关官员逃到了租界。但是外商的船只还在港口等待，贸易还是得继续进行，英、法、美三国的领事商量了一下，决定三国各派一人，成立了税务司，“代替中国政府”管理上海海关。
这显然是对中国主权的僭越。不过令中方官员想不到的是，外国人居然能诚实认真地收税，也没有什么贪腐，并将收到的税款如数交给了中方。于是，清政府便很高兴地由英国人代管中国海关，并与英美等国签定条约。从此开始由外国人代管海关行政，全权负责管理海关事务。
后来英国人赫德来到北京，与恭亲王具体谈到海关改革时，恭亲王与赫德谈了一些中国官场上极为敏感的话题。恭亲王说，中国官员几乎无人可信。对比之下，外国人的报告较为可靠。
赫德是当时英国北爱尔兰人，开始他在宁波领事馆做翻译，后来到广东海关管理税务。通过一个多月的接触，恭亲王对他的诚实、能干和专业素养非常信任。他甚至说，“如果我们有100个赫德，我们的事情就好办了”。因此，1863年，赫德得以接任总税务司，开始了长达近半个世纪的对中国海关的管理。
赫德首先面临的问题，就是海关的腐败。晚清海关的腐败，已经达到了无可复加的程度。鸦片战争之前，因为非法鸦片贸易的猖獗，海关官员最主要的来钱方式变成了庇护鸦片走私。各级海关关员都“广泛地参与了走私活动，并从中获得了巨额的经济利益。所有的人，从最高级的海关监督到最低级的杂役，都参与了这种腐败。他们定期向商人索取高额的费用，然后默许鸦片走私的进行。正是在这种放纵下，走私变得极为平常，有时竟然是在光天化日之下进行的”。
海关的腐败不仅让外国商人头痛，其实也是中国历代皇帝头疼的问题。皇帝们虽然对自己的亲信们都很关照，但是他们也不希望自己治下任何一个部门腐败成风。
历代皇帝都对税关下达过整改命令，但是这些命令几乎都没有任何效果。既然制度上不能有为，那只能抓贪官来泄愤。所以当皇帝一高兴想要反腐的话，海关监督就成了一个高危职业。
赫德却不想以反贪风暴来改变海关面貌。他要做的，是从制度上彻底更新，对腐败来个釜底抽薪。
赫德的改革分四步走。
赫德首先做的，是建立新的会计制度。清代海关原来的会计账簿比较落后，不但所有陋规和灰色收入不能体现，甚至收到的“正税”也存在被化公为私的现象。之后，赫德对中国海关最早的记账形式进行了改革，他淘汰了中国传统的旧式清册，建立了一套严格、详细、可靠的会计制度。这套新制度对海关税收的上缴和留用可以进行详尽的便于查询的记录。明晰的财会记录使得做假账更加困难，从而有效地遏止了海关腐败，提高了海关行政效率。
第二步，赫德建立了有效的审计制度。他专门设立了稽查账目税务司，作为一个独立的机构，对各关财务会计制度进行监督。其中正稽核专门负责巡视各口海关，每年至少去每个港口检查账薄和账目一次。稽查方式是抽查，“他会出其不意地下去并做到：1.账目一直记到最近的；2.金库金额和账簿试算表相符合；3.因为人们不知道他什么地方不检查，所以他的巡查就将使一切都更加仔细。”
稽查税务司的权力很大，每到一处，正稽核就马上接管保存结余或相关的单证及支票和存折的保险柜的钥匙和全部账册，不受任何干扰。一旦发现有未经授权的支出、滥用公款或其它不正当行为，他就有权停止任何税务司或负责关员的职务。
第三步，是人事制度改革，对海关进行换血，把海关重要岗位基本上都换为外国人。通行的公文用英语，清朝大员也看不懂。赫德坚持，总理衙门必须赋予他人事的全权，“总税务司是唯一有权将人员予以录用或革职、升级或降级，或从一地调往他地者”。
这一制度的要点是“进人必考”。其他任何人和机构，包括他自己都不能安插自己的私人。在这方面赫德主要借鉴的也是英国经验，因为当时的英国已经拥有一套高效廉洁的文官制度。赫德在选择海关雇员时实行全球招考、公开选拔，先后在上海、九龙、广州、青岛和伦敦等地设置考点，不管是谁介绍来的人，必须参加考试。
赫德在广州有位牧师朋友，希望赫德能够为其儿子乔治•俾士在中国海关里安排一个职位。赫德碍于朋友的面子不好推辞，“但他要求乔治•俾士到伦敦的办事处报名参加考试。结果，这位伦敦大学的毕业生因条件不符而被淘汰。”
第四步，有法必依，严格执法。在处理违规行为上，赫德非常果断，从不搞“下不为例”。对于贪污、侵吞、挪用、受贿等不廉行为者，一经税务司上报总税务司，立即开除。这一点他说到做到，甚至自己也会主动负连带责任。1873年4月，一个副税务司的失职造成了海关23000两银子的损失，赫德认为自己有失察之责，用自己的钱填补了这个亏空。
关于道德约束和制度约束，赫德与中国官员进行过一次有趣的讨论。1864年7月29日，赫德同中国官员董恂和文祥一起漫谈“道德”这个话题。赫德回忆：我说中国人和我们不同之处可以追溯到根本的出发点:中国人说人性善，我们说人性恶。中国人因而求助于教育养成的规矩；我们则通过“惩”，对违法进行治理和处罚，树立法律和规章。
第五步，工资制度改革。当时，旧式海关各级工作人员名义上工资都极低，表面上看差不多是给大清帝国免费打工，但是实际上他们却个个都是超级富翁。赫德说：“中国的祸根在于官员薪俸低微不足。”
赫德说，为了使海关改革卓有成效，必须用支付高薪的方式使关员们保持廉洁。“一切费用，不可减少。若少，则所用之人，必为奸商所买。”
赫德制定了《中国海关管理章程》，实行高薪养廉。但是前提是公开透明，把海关关员的收入晒在阳光下。以华人为主的职务，工资虽然低于洋员，但是与中国社会的普通标准比起来也是非常高，几乎是其他国家相应的行政机关的两倍。除了基本年薪外，关员还享有年度奖金和福利津贴。员工在海关工作一定年限后能获得一笔额外的工资，如表现突出还会得到额外奖金和加薪，当时海关的中级职位，年薪最多的可高达9000辆白银，这个是满清一品大员的工资啊，而赫德本人的工资和清朝的清王是一样的，年薪1万两白银。在海关干得越久，获得的待遇就越高，保障也越丰厚，这无形之中提高了海关人员的参与腐败的成本。
高薪养廉制度使关员无后顾之忧，也不必去冒贪污中饱的巨大风险，也保证了关员们的工作热情，促使他们长期地为海关效力。“新关之所以能如此高效运作与其高薪的工作报酬是直接相关的。”
综合起来看，赫德的几项管理制度是相互关联的：高薪激励机制，让关员们“不想贪”。先进的会计制度和审计监督制度，让关员们“不能贪”。严明惩戒制度，让关员们“不敢贪”。这三者互为补充，不可分离。
赫德不仅自己在海关实行高薪养廉，还把这个做法作为一项重要建议，贡献给清朝政府。当然，清政府并没有采纳这一建议。
高薪养廉要付出代价，那就是海关经费的大幅增长。在清代旧海关时代，粤海关每年经费很低，每年不过花掉一万多两。但是赫德接任总税务司后，这项经费随着通商口岸的增加而逐步提高。到1898年，因金镑涨价，赫德以各关洋员薪水按银发给，以银换金,“亏累太大”为名，又请增税务司经费。他的理由是：“如果不给他足够的资金，就无法期望他们保持廉洁。”海关经费由此每年达到3168000两。
但是清政府却很痛快地批准了如此高的经费标准，这是因为朝廷认为这些经费花得值得:在赫德的管理下，关税收入迅速提高。1861年，海关税收是490余万两，到了1871年，仅仅十年，就达到1100余万两，翻了一番。到1904年赫德离职时，已经达到30206504两，翻了6倍多。
与此同时，1861年海关税收约占清政府总财政收入的9%，到了1864年这一比例增加到了12%，到1885年增加到了18.8%，而到了1887年，由于税厘并征的实行，海关税收占清政府财政的比重迅速提高到了24.35%。
赫德主掌的海关极大缓解了清政府的财政窘境。税收犹如国家经济的血液，清政府在濒死的边缘，获得了海关税收大量增加所带来的新鲜血液，让它又苟延了几十年的寿命。
赫德为什么能成功地改革海关，除了合宜的制度建设之外，还有以下因素：
第一，是赫德本人的素质和人格魅力。赫德是一个虔诚的宗教徒，又极为敬业，是个工作狂，每天工作十多个小时，数十年如一日。
第二，总税务司这个职务处于多重焦点之下，关注度高。清政府虽然把海关委托给他管理，但是从制度上来说，可以随时换掉他。与此同时，德、法、俄、日等国家，都对总税务司一职垂涎三尺，如果他行为稍有不检点，就很可能下台，这让他不得不殚精竭虑，抓好管理。
第三，他能准确地认识自己，恰当地处理好与中国政府的关系。赫德多次重申:“总税务司署，乃系中国机关，总税务司系受中国政府之任命，办理海关事务。故总税务司在执行关政上，对于中国政府系协助之性质。自不应蔑视中国之主权，而谓政由我出”。
赫德非常清楚这样做的理由:“我们做的是中国的工作，人家付钱让我们做的是中国的工作，如果我们要生存下去的话，我们必须遵从中国的方式和观点”。
赫德非常注意尊重中国政府的权威，而中国政府对新式海关的管理也感到满意，给了赫德极大的管理自由空间。晚清的中国海关也称“洋关”、“新关”，管理国际贸易。与之相对的则是内地的“常关”、“旧关”，由清政府官员主管。“洋关”高效廉洁，“常关”贪腐蔓延，形成鲜明对比。
所以晚清政府给了赫德极高的评价，“伏查总税务司赫德自咸丰四年来华，至同治二年补授今职，综理各关税务，布置周密，收数递增，确著成效”，“在中国总司税务，宣力有年，卓著成效，国家深资倚重”，“中国海关岁收税项日见起色，莫不盛推总税务司综核之功。”1908年，清政府赏赫德尚书衔，并在他死后追封太子太保，这是外国人在中国获得的最高荣誉。
第四，赫德的改革是理性的、渐进的。赫德有着英国式的现实主义精神，他主导的新海关与中国旧海关并非一刀两断，而是有所继承。比如新式海关在税款解缴存放方面继续沿用了传统的关银号制度，一直到辛亥革命后才逐渐由新式银行取而代之。
赫德曾经说过:“中国对于欧洲的任何制度都不会原封不动地接受，因此必须改头换面，才能适合中国人的眼光。改头换面以后，内部的骨架子必须是坚固有力的，五官四肢仍然是完备的，全体的职能当然还是可以实现的；不过正如同普通的内地人看一个穿大礼服的中国人觉得奇怪一样，一个严格的西方专家看见这种改头换面的制度也会觉得不顺眼的。我主张缓步稳进，开始时只做一些必须做而且可能做到的事，但是有眼光的人们大概会因小见大，看到将来发展的远景的。”
因为海关管理的成功，清政府扩大了赫德的权力，让他接手了一部分沿海常关也就是内地税关的管理工作，希望赫德能对它们进行近代化改造。
在将洋关制度移植到常关管理领域时，赫德尽可能留用了常关原套人马，对原有“工作手续和人事将不作任何不必要的变动”，避免引起较大震动，接管五十里内常关的工作因此稳妥推进，取得成功。在帮助清政府创办现代邮政制度时，赫德也说，“为各方面的利益计，我们应该效法的是龟行，而不是兔走”。
当然，虽然非常尊重中国政府的权威，但赫德作为一个西方人，仍然坚持认为西方的政治文明发展是高于中国的，他曾试图把海关塑造成为“中国全面改革文职机构的典范”，以促进中国政府管理模式的升级。因此他提醒其他海关关员不要忘记“自己乃先进文明之代表，该文明与中国之文明截然不同，因之亦不必抑制发扬先进文明与推行西式成功经验有益成果之自然愿望”。
不管赫德的本心如何，他管理下的晚清中国海关，其廉洁程度在两千余年帝制中国的历史上确实可以说是绝无仅有。魏尔特在《赫德与中国海关》中说，“赫德任期内海关人员的违法行为没有超过五起。”这一事实说明，贪腐在中国并不是难以治好的绝症。
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